当分公司已经注销，但仍有投资于其他企业的资金未收回时，可以采取以下步骤进行处理： 1. **清查资产**：首先要对分公司的资产进行清查，了解投资的金额、投资对象以及投资期限等信息。 2. **评估风险**：分析投资的风险程度，包括投资对象的信誉、财务状况以及可能存在的法律风险等。 3. **协商解决方案**：与投资对象进行协商，尝试达成一种双方都能接受的解决方案。可能的解决方案包括延期还款、分期付款或者转股等方式。 4. **法律途径**：如果协商无果，可以考虑通过法律途径来解决。可以咨询律师，了解相关法律规定和诉讼程序，必要时可以提起诉讼。 5. **记录与报告**：在整个处理过程中，要做好详细的记录，并向总公司报告处理进展和结果。 请注意，具体的处理方式可能会因实际情况而有所不同，因此在处理此类问题时，建议寻求专业律师的帮助。