在2016年上海崇明注册的企业不能办理环评的原因可能有以下几点： 1. **政策调整**：当时可能有关于环保政策的重大调整，导致新注册企业需要满足更严格的环评标准。 2. **法规限制**：2016年可能存在新的环保法律法规出台，这些法规对企业的环评要求进行了修改，使得部分企业在当时无法满足条件。 3. **区域规划**：崇明作为自然保护区，可能对环境影响较大的企业有特殊的规划限制，导致新注册企业无法通过环评。 4. **技术原因**：部分企业在注册时可能尚未完成相关的环保设施建设或者技术升级，因此暂时无法通过环评。 5. **其他特殊情况**：还可能存在其他一些特殊情况，如环保部门的工作流程、人员配备等原因导致企业无法及时办理环评。 请注意，以上分析仅是基于一般情况的推测，具体情况可能因个案而异。如果需要了解具体原因，建议咨询当地环保部门或相关机构。