对抗性诉讼时效是指当事人在法定期限内不行使权利，即丧失请求法院保护其权利的一种法律制度。在中国，对抗性诉讼时效通常适用于民事诉讼。 在您提到的情况下，如果公司的制度违反了法律规定，员工可以根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规来维护自己的权益。然而，是否适用对抗性诉讼时效需要具体情况具体分析。一般来说，对抗性诉讼时效的适用范围较为狭窄，主要针对的是债权请求权。对于涉及公司制度违法的问题，可能需要通过其他途径来解决，如向劳动仲裁委员会申请仲裁或者向法院提起诉讼。 需要注意的是，对抗性诉讼时效的具体规定可能因国家和地区的法律法规而有所不同。因此，在实际操作中，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。