土地流转是指土地承包经营权通过转包、出租、互换、转让等方式进行流转。在这个过程中，土地的所有权仍然属于农村集体经济组织，而承包经营权则转移给其他农户或者经营主体。根据《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国农村土地承包法》，土地承包经营权人有权依法对其承包的土地进行合理利用。 关于机电井井房的建设，一般来说，如果是在已经获得批准的非基本农田上进行农业设施建设，如机电井井房，通常是合法的。但是，如果在基本农田上进行此类建设，则是违法的，因为基本农田是国家为了保护粮食安全而划定的特殊用途土地，不得用于非农业建设。 此外，机电井井房的建设还需要遵守相关的环保和安全规定，确保不会对周围环境和居民生活造成不良影响。因此，在土地流转后，经营方在耕地上建设机电井井房是否合法，需要根据具体情况来判断，包括土地的用途、规划、环保和安全等方面的要求。