对于一般纳税人企业采用简易计税方法且未对收到的专用发票进行勾选认证的情况，可以参考以下步骤进行处理： 1. 首先，企业需要确认该专用发票是否已经超过了抵扣期限。根据税法规定，增值税专用发票的抵扣期限为自开票之日起180天。如果超过了这一期限，则无法再进行抵扣。 2. 如果发票尚未超过抵扣期限，企业应尽快登录增值税发票综合服务平台，对未勾选的专用发票进行勾选认证。在平台上，企业可以根据实际情况选择“全部勾选”或“部分勾选”，然后点击“提交”。 3. 勾选认证完成后，企业需要等待税务机关的稽核比对结果。一般情况下，稽核比对会在次月完成，企业可以在次月初登录增值税发票综合服务平台查看比对结果。 4. 如果稽核比对结果显示相符，企业就可以在申报期内进行增值税纳税申报，并将已勾选认证的专用发票纳入当期进项税额进行抵扣。 5. 如果稽核比对结果显示不符，企业需要根据税务机关的要求进行相应的处理，如重新上传发票信息、进行核查等。 需要注意的是，企业在处理此类问题时，应确保所提供的信息准确无误，以免影响企业的正常税务申报和抵扣。同时，企业也应定期对发票进行清理和核对，避免因疏忽导致不必要的税务风险。