处理工程实际施工人合同纠纷的方法如下： 1. **审查合同条款**：首先，需要仔细审查实际施工人与承包商之间的合同，了解合同中关于工程款支付、工期、工程质量等方面的约定。 2. **收集证据**：在实际施工人提出纠纷时，应要求其提供相关证据，如施工日志、工程量清单、付款凭证等，以证明其主张的事实。 3. **协商沟通**：在了解合同条款和收集证据的基础上，双方可以进行协商沟通，寻求达成一致意见。在协商过程中，可以邀请第三方专业机构或律师提供专业意见。 4. **调解仲裁**：如果协商无果，可以根据合同约定选择调解或仲裁方式解决纠纷。调解是在第三方调解机构的协助下，双方自愿达成协议的过程；仲裁则是由仲裁委员会根据法律规定和合同约定对纠纷进行裁决。 5. **诉讼**：如果调解或仲裁仍无法解决纠纷，实际施工人可以向法院提起诉讼，请求法院判决承包商承担相应的法律责任。在诉讼过程中，法院会根据双方提供的证据和法律规定作出判决。 总之，处理工程实际施工人合同纠纷需要综合运用法律手段和协商技巧，以维护双方的合法权益。