在审计过程中发现施工单位私自将50厚的花岗石改为30厚，应该按照以下步骤进行审减：
1. **现场核实**：首先需要到现场核实实际施工情况，确认是否存在厚度不符的情况。
2. **查阅合同和设计图纸**：对照施工合同和设计图纸，查看原定的材料规格和厚度是否与实际情况相符。
3. **计算成本差异**：根据实际使用的材料厚度与原定厚度的差额，计算出成本差异。
4. **提出审减意见**：在审计报告中明确提出审减意见，指出施工单位未按照合同约定和设计方案施工，导致材料成本减少。
5. **提供法律依据**：依据《中华人民共和国合同法》和《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，施工单位应当承担违约责任，审计单位可以要求建设单位对施工单位进行索赔。
6. **行业标准**：可以参考《建筑地面工程施工质量验收规范》（GB50209-2010）等相关行业标准，确保施工符合规范要求。
通过以上步骤，可以对施工单位私自更改材料厚度的行为进行有效的审计和审减。