根据我了解，离婚协议中约定的条款，只要是双方自愿协商一致，并且不违反法律法规的强制性规定，一般都是有效的。所以，如果男方和女方在离婚协议中明确约定房屋拆迁补偿款归女方40%，即使女方户口不在男方那里，这样的约定也是有效的。
不过，具体的情况可能还会受到当地法律和政策的影响，建议你最好咨询一下当地的律师或者相关机构，以确保自己的权益得到保障。
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根据《中华人民共和国婚姻法》第十七条第一款规定，夫妻在婚姻关系存续期间所得的下列财产，归夫妻共同所有：(一)工资、奖金；(二)生产、经营的收益；(三)知识产权的收益；(四)继承或赠与所得的财产，但本法第十八条第三项规定的除外；(五)其他应当归共同所有的财产。离婚协议中约定房屋拆迁补偿款归女方40%,女方户口不在男方，这样的约定是有效的 。
根据《中华人民共和国婚姻法》的规定，夫妻双方在离婚时可以协商处理共同财产的分割。如果双方在离婚协议中明确约定了房屋拆迁补偿款的分配方式，且该约定不违反法律强制性规定，那么该约定应当具有法律效力。因此，女方户口不在男方的情况下，离婚协议中关于房屋拆迁补偿款归女方40%的约定，只要双方自愿签订且不违反法律规定，通常是有效的。