如果内河船舶在碰撞后三天才发现进水，首先应该立即采取以下措施： 1. **检查进水原因**：确定进水的具体位置和原因，以便采取针对性的堵漏措施。 2. **评估船舶状况**：对船舶的整体结构和安全性能进行评估，判断是否有继续航行的可能。 3. **请求援助**：如果船舶受损严重，应立即联系救援机构或相关部门，请求专业援助。 4. **控制进水速度**：尝试使用船上现有的工具和设备来减缓进水的速度，如关闭相关的水密门和通风口。 5. **记录事件经过**：详细记录事件发生的经过、采取的应对措施以及船舶的状况变化，以便后续的调查和处理。 6. **遵循法律法规**：在整个处理过程中，务必遵守相关的国际和国内法规，确保处理的合法性和规范性。 请注意，以上建议仅供参考，具体情况还需根据实际情况进行判断和处理。